Mindeddig senki nem vizsgálta annak a helyzetnek a következményeit, hogy a déli határszakaszra tervezett 175 kilométeres kerítésből nagyjából 30-40 kilométer az Európai Unió ökológiai hálózata, a Natura 2000 programterület része. A kerítés megépítése természetvédelmi hatóságok munkatársai és szakemberek egyöntetű véleménye szerint súlyosan károsítaná a vadon élő állat- és növényfajok természetes élőhelyét. Közbeavatkozhat az Unió is, amelynek ellenőrzési és engedélyezési jogköre van a Natura 2000-es területek felett, írja a hvg.hu. A környéken él a fokozottan védett délvidéki földikutya, kevesebb példány él belőle a világon, mint az óriás pandából. A kerítés bebetonozott alapja akadályozná a földikutya földalatti mozgását, sőt: a kerítés minőségétől függően 4 méteres magasság alatt még lepkék sem tudnának átrepülni a határszakaszon.